Kelas unggulan merupakan kelas yang diperuntukan bagi peserta didik yang memiliki kompetensi istimewa di bidang akademik untuk dipersiapkan pada ajang lomba olimpiade (KSM dan OSN) baik tingkat kabupaten, provinsi maupun nasional. Disamping itu juga membekali peserta didik agar dapat terterima di sekolah favorit pada jenjang SMA/MA/SMK.
MTs. Negeri 2 Pohuwato adalah satu-satunya madrasah negeri yang berada di wilayah barat Pohuwato yang dikenal dengan Madrasah Gudang Olah Raga. Banyak peserta didik yang melahirkan atlet-atlet yang selalu berbicara baik di tingkat kabupaten, provinsi bahkan nasional.
Dalam hal ini telah melahirkan guru/pelatih yang profesional di bidangnya, serta sarana prasarana yang mendukung, seperti lapangan. Adapun olah raga yang dibina yakni:
Dalam rangka membangun generasi yang cerdas dan mandiri, madrasah memberikan bekal keterampilan kepada peserta didik dengan mengintegrasikan program Adiwiyata pada mata pelajaran pengembangan diri, serta melibatkan peserta didik dan guru pada kelompok kerja (POKJA) Adiwiyata. Di antaranya:
