Madrasah Tsanawiyah Negeri 2 Pohuwato provinsi Gorontalo, resmi pada tahun 2009. Sebelum beralih status menjadi negeri, madrasah ini pada mulanya memiliki nama madrasah Al- Khairat Lemito dengan status yayasan dibawah pimpianan oleh Ust Abdul Hamid Kacindra. Madrasah Al-Khairat sejak didirikan pada tahun 1970 dan mulai beroperasi tahun berikutnya yakni pada tahun 1971.

Sejak mulai beroperasi dan membuka pendaftaran/ penerimaan siswa telah mendapat perhatian dan antusias masyarakat setempat, sehingga pada tahun 1974 madrasah Al-Khairat berhasil meluluskan siswanya sebagai alumni pertama. Diawal perjalanannya harus diakui bahwa madrasah Al-Khairat mengalami banyak kendala dan tantangan seperti kurangnya tenaga pendidik dan juga minimnya sarana pendidikan yang menyebabkan minat orang tua ataupun masyarakat untuk memasukan anak-anaknya ke madrasah ini kuransg. Meski dengan kondisi yang demikian memprihatinkan namun pengelola madrasah terus berupaya mempertahankan madrasah ini agar tetap eksis dan berkontribusi dalam pembangunan sumber daya manusia.

Atas dasar niat dan cita-cita mulia itu berbagai upaya ditempuh diantaranya adalah terus menerus mensosialisasikan madrasah kepada masyarakat, berusaha mencari dukungan dan bantuan kepada semua pihak yang memiliki kepedulian akan sebuah pendidikan. Alhasil perjuangan dan kerja keras itu mulai mendapat simpati dan dukungan dari berbagai pihak, sehingga pada tahun 2009 madrasah Al-Khairat Lemito yang berstatus yayasan setelah melalui proses yang sangat panjang berubah atau beralih status menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri. Perlu diketahui bahwa sejak berdiri pada tahun 1970 sampai dengan sekarang tahun 2019 Madrasah ini telah mangalami pergantian pimpinan/ kepala madrasah.